12 Ekim 1965’te Gazze Şeridi’nin kuzeyindeki Beyt Hanun şehrinde doğdu. İlk öğrenimini El-Zeytun’daki El-Falah Okulu’nda ve El-Rimal’daki Selahaddin Eyyubi Okulu’nda aldıktan sonra orta öğrenimini El-Karmel Okulu’nda tamamladı. 1984 yılında lise öğrenimine başlayan Naim, 1992’de Almanya’ya giderek Erlangen Üniversitesi’nde Tıp eğitimi aldı. Aynı zamanda burada 1995 yılına kadar da pratisyen hekim olarak çalıştı. Bir yıl sonra UNRWA’da görev yaptı. Aynı yıl Gazze Şeridi’nde El-Zeytun’da ve Beyt Hanun’da iki sağlık kliniği açtı. 1997-2003 yılları arasında da Türkiye’ye gelerek Ankara Gazi Üniversitesi’nde doktora programını tamamladı.

Gençlik yıllarında İslami hareketler içerisinde aktif olarak yer alan Naim, Filistin ve Arap halklarını harekete geçirip bilinçlenmeleri için bir sendika kurarak çeşitli faaliyetlere imza attı. Bu doğrultuda Filistin Tıp Forumu’nu kurarak sendika içinde Öğrenci Eylem Komitesi Başkanlığı’nı yürüttü.

Çalıştığı hastanelerde yalnızca doktorluk yapmayıp idari sorumluluklar da aldı. El-Vefa Tıbbi Rehabilitasyon Hastanesi’nde çalışırken o dönemde Gazze Şeridi’nde yalnızca bir hastanede bulunan Ortopedik Cerrahi Bölümü’nü direktörlüğünü yaptığı hastanede de kurdu.

2003-2006 yılları arasında Gazze Şeridi’nde Hıristiyan hastanesi olarak hizmet veren El-Ehli Arap Hastanesi’nde Ortopedi Anabilim Dalı Başkanı olarak çalıştı. 2007 yılına gelindiğinde ise Gazze İslam Üniversitesi’nin kuruluşunda yer aldı ve 2015’ten itibaren sekiz yıl boyunca söz konusu üniversitenin dekanlığını yaptı. Dekanlık görevini yürütürken Gazze Şeridi’nde Hayat Acil Durum ve Afet Yönetimi Eğitim Merkezi’ni kurdu.  

7 Ekim 2023’te İsrail’in Gazze Şeridi’ne yönelik başlattığı soykırım sırasında El-Ehli Arap Hastanesi’nin direktörü oldu. Söz konusu hastane, mütemadiyen devam eden saldırılar sebebiyle yerinden edilmiş binlerce masum Filistinlinin sığındığı bir yer haline gelmişti. İsrail 17 Ekim 2023’te bu hastaneyi hedef alarak 500’den fazla Filistinlinin ölmesine sebep oldu. Patlama nedeniyle hasta kabul ve acil bölümleri tamamen yıkılmış cerrahi operasyon binası ve tıbbi oksijen üretim istasyonu da vurulmuştu. Doktor Fadıl Naim, ikinci bir ülke vatandaşlığı olduğu halde yaşanan katliamlara rağmen Gazze’den ayrılmamış medyaya verdiği açıklamalarda Gazze’de sağlık alanında görev yapmanın “terk edilemeyecek dini, ahlaki, ulusal ve insani bir görev” olduğunu ifade etmiştir.