1948 yılında İsrail Savunma Kuvvetleri tarafından kurulmuş ve ilk defa 1945 yılı İngiliz Mandası Savunma (Acil Durum) Yönetmeliğince oluşturulmuştur. Söz konusu mahkemeler 1967 yılında önce İsrail’de yaşayan Filistinli vatandaşları yargılamak için kullanılmıştır. Ancak 1967 tarihinde Haziran Savaşı’nın patlak vermesinden hemen sonra bu kez, Filistin topraklarındaki güvenlikle ilgili tüm davalar için askerî mahkemeler kurulmuştur. Bu mahkemeler esas olarak 20 Nisan 1970 yılında Güvenlik Koşullarına İlişkin Askerî Emirler (No. 378) 5727-1967’ye dayanarak İsrail denetiminde gözaltına alınan ve tutuklanan Filistinliler ile ilgili yasaların temeli, suçların tanımı ve failler için cezaların belirlenmesi, askerî mahkemelerde yasal prosedürlerin oluşturulması gibi konuları düzenlemektedir. Askerî mahkemelere normalde yüzbaşı veya üstü rütbeli kıdemli bir İsrail ordusu subayı ve sulh hâkimi olarak görev yapan diğer iki subay başkanlık etmektedir. İsrailli bir subay savcılığın davasını sunarken, sanık bir sivil avukat atayabilir. Her yıl, içerisinde çocukların da olduğu binlerce Filistinli, İsrail çıkarlarına göre hareket eden yargıçlar tarafından askerî mahkemelerde yargılanmaktadır.