1907 yılında Kudüs’te doğmuştur. Babası Musa Kazım El-Huseyni’dir. Kudüs’te büyümüş ve yetişmiştir. İlk olarak Kudüs’teki Raşidiyye Medresesinde ardından siyonist okulu olarak da bilinen Piskopos Gobat Okulunda, daha sonra ise Ravzatu’l-Meârif Okulunda eğitimini almış ve 1927 yılında buradan mezun olmuştur. Gençlik yıllarında ulusal protestolara katılmıştır. Beyrut’ta bulunan Amerikan Üniversitesine kaydolmuş ancak bundan bir sene sonra siyasi faaliyetleri dolayısıyla okuldan uzaklaştırılmıştır. Daha sonra Mısır’a gitmiş ve Kahire’de Amerikan Üniversitesi Fen Fakültesi Kimya Bölümüne girmiştir. Bu bölümden 1932 yılında mezun olmuştur. Mezuniyet töreninde, bölgede artan İngiliz-Amerikan politikalarını  eleştirmiş, ardından 1932 yılının Temmuz ayında Kahire’den Filistin’e sınır dışı edilmiştir. Cemal Huseyni’nin başkanlığını yaptığı Filistin Arap Partisine üye olup partinin sekreterliğini üstlenmiştir. Huseyni, fikirlerini partinin gazetesi El-Liva’da başeditör olarak ve El-Cemi’yyetü’l-İslamiyye dahil olmak üzere diğer pek çok gazetede  yazarak ifade etti. Hükümet dairelerinde Filistinli Araplara karşı yapılan ayrımcılıkla mücadele etmek için 1930’ların başında Eğitimli Müslümanlar Kongresi’ni düzenledi. Huseyni’yi depolitize etmek amacıyla, İngiliz Mandası yetkilileri onu manda toprakları bölümüne memur olarak atadı. 1936’da görevinden istifa etmiş ve 1936-1939 yılları arasında vuku bulan Büyük Devrim/İsyan sırasında Filistin direnişinin lideri olmuştur. Kudüs Bölgesi’nin komutanı olarak 6 Mayıs 1936’da Beyt Sûrîk’te bulunan “Haganah” güçlerine yapılan saldırıyı yönetmiş ve şehrin etrafındaki dağlardan direnişi örgütlemiştir. Mukaddes Cihat Örgütünü örgütlemek için gizli toplantılar yapmış ve 1936 yılında Mukaddes Cihat Örgütü silahlı kuvvetlerinin başkomutanlığına getirilmiştir. 1936 yılında El-Halil şehri yakınlarında meydana gelen Beni Nuaym Savaşı’nda İngiliz kuvvetleri tarafından yaralanmış, ardından tedavi için Şam’a nakledilmiştir. Daha sonra 6 ay Almanya’da kalmış ve 1937 yılının sonbaharında Şam üzerinden Kudüs’e dönmüştür. Aynı yıl Kudüs’teki Ayn Kârim Bölgesi’ni, operasyonlarını yürüteceği merkez olarak seçmiştir. 1939 yılında tekrar yaralanmıştır. Matematik öğretmeni olarak çalışacağı Bağdat’ta bulunan Harp Okulu El-Reşîd Askeri Üssü’ne tayin edilmiştir. Reşid Ali Geylani devrimini desteklemiş ve 1941’de İngiliz ve Irak orduları arasında yapılan savaşlara katılmıştır. Ardından Irak üzerinden Türkiye’ye geçmiş ancak geçer geçmez tutuklanmış ve hapsedilmiştir. Tutuklanma hükmü askıya alınmış, bunun yerine Irak’ın kuzeyinde bulunan Zaho’da geçirilmek üzere 20 aylık sürgün cezası verilmiştir. Aynı zamanda Huseyni’nin eşi olan Vecihe de mahkemeye sevk edilerek Bağdat’ta 20 ay ev hapsi cezası almıştır. Kral Abdulaziz Âl-i Suud’un devreye girmesinden sonra 1943’te salıverilmiş ve Irak’ı terk ederek Suudi Arabistan Krallığı’na doğru yola çıkmıştır. Ardından 1 Ocak’ta Mısır’a geçmiştir. İsrail’in Filistinlilere yönelik devam eden askeri saldırılarına karşı Arap Liginden mühimmat ve cephane talep etmiştir ancak bu talebi reddedilmiştir. Filistin’i taksim kararının ilan edilmesinden sonra 1947 yılında gizlice Kudüs’e geçmiştir. Daha sonra gönüllü gerilla kuvveti olan Cihad-ı Mukaddes’in komutanı olmuş ve direnişi örgütlemeye başlamıştır. Haganah kuvvetlerine karşı girişilen El-Kastel Savaşı esnasında, 8 Nisan 1948’de şehit edilmiştir. Ertesi gün Mescid-i Aksa Mezarlığı’na defnedilmiştir.  Geride Musa, Gazi ve Faysal El-Huseyni adında 3 evlat bırakmıştır.