1940 yılında Irak’ın Bağdat şehrinde dünyaya gelmiştir. Babası Abdülkadir el-Hüseynî, dedesi ise eski Kudüs Belediye Başkanı Musa Kazım el-Hüseynî Paşa’dır. İlkokul ve lise eğitimini Kahire’de almış ve 1958 yılında mezun olmuştur. 1957 yılında Arap milliyetçi hareketine katılmıştır. 1959 yılında Filistinli Öğrenciler Genel Birliğinin kurucu üyeliğini yapmıştır. Kahire ve Bağdat’ta fen bilimleri tahsil etmiştir. 1963 yılında Mısır’da askerî eğitimlere katılmıştır. Sonrasında Kudüs’e dönmüş ve Filistin Kurtuluş Örgütünün kuruluşundan sonra örgütle birlikte çalışmıştır. 1964-1965 yılları arasında Genel Teşkilat Dairesi müdür yardımcılığı yapmıştır. Suriye’de okumuş ve 1967 yılında Şam’da Askerî Fakültenin Askerî Bilimler Bölümünden lisans diploması almıştır. Aynı yıl içerisinde Filistin Kurtuluş Ordusuna katılır. 1967 Haziran Savaşı’ndan sonra Batı Şeria’ya geri dönmüştür. Ekim 1967’de İsrail yönetimi tarafından tutuklanarak bir sene boyunca hapis yatmıştır. 1969-1977 yılları arasında Kudüs’te x-ray teknik denetmeni olarak röntgen bölümünde çalışmıştır. Beyrut Arap Üniversitesinde tarih eğitimi almıştır. 1979 yılında Kudüs’e dönmüş, Arap Araştırmaları Topluluğu’nu kurmuş ve başkanlığını yapmıştır. 1982 yılında Kudüs’te Yüksek İslam Meclisi üyesi seçilmiştir. İsrail yönetimi 1982-1987 yılları arasında el-Hüseynî’yi birçok kez ev hapsine almıştır. 1987 yılında İsrail yönetimi tarafından pek çok defa tutuklanır. Tutuklanmalarının sonuncusu Ekim 1990’da gerçekleşmiştir. El-Hüseynî, Haziran 1987’de Uluslararası Amnesty Vakfı tarafından “vicdan tutsağı” ilan edilir. 1987-1988 yılları arasında Birinci İntifada resmî  sözcüsü olmuştur. Filistin-İsrail diyalog sayfasının açılmasına öncülük edenlerden biri olan Likud Partisi üyesi siyasetçi Moshe Amirav ile Eylül 1987’de araştırmalar yapan ilk Filistinli yöneticidir. 1991’deki müzakerelere yardımcı olmak için işgal altındaki Filistin toprakları içerisindeki teknik ve danışma heyetlerinin kurulmasına katkıda bulunmuş ve heyetlerin kuruluşunu denetlemiştir. Kudüs’te Arap Araştırmaları Topluluğu’nun kütüphanesini öncü bir merkez ve ulusal otorite haline dönüştürmüştür. 1990 yılında Madrid Barış Konferansı için yapılan hazırlık görüşmelerini Amerikan Dışişleri Bakanı James Baker ile yönetmiştir. Uzun süre işgal altındaki Filistin topraklarında FKÖ’nün ve Başkan Yaser Arafat’ın temsilciliğini yapar. Filistin Yönlendirme Heyeti’nin barış araştırmalarında başkanlık yapmıştır. İsrail müzakerelere katılmasına karşı çıkarak iki sene süresince resmi müzakerelerde doğrudan bulunmasını engellemiştir. Sonrasında Nisan 1993’ten itibaren barış görüşmelerinde Filistinli heyete başkanlık yapar. 1993 yılında bir grup ulusal aktörle birlikte Arap Kudüs Meclisini kurar. 1994 senesinden itibaren Batı Şeria’da Fetih Yüksek Hareketi Yönetiminin başkanlığını üstlenmiştir. Nisan 1996’dan itibaren FKÖ’nün Yürütme Heyeti üyeliğinde bulunmuştur. Nihai durum görüşmelerinde Filistinli grubunun bir üyesidir. 90’lı yılların ortalarında FKÖ’nün Yürütme Heyeti üyesi vasfı ile Kudüs dosyasının sorumluluğunu üstlenmiştir. Ocak 1996’da gerçekleşen Filistin Parlamento Seçimleri’nde Doğu Kudüs’ün elde kalmasını sağlamada önemli bir role sahiptir. Vefatına kadar Kudüs toplumu yöneticiliğine devam etmiş, yerleşimciler ve İsrail kuvvetleri ile sayısız çatışmaya maruz kalmıştır. Amerikan Barış Ödülü’nü, sonra Gleitsman Vakfı Uluslararası Aktivist Ödülü’nü almıştır.  Kendisi ayrıca 1991 Körfez Savaşı’ndan sonra Kuveyt’i ziyaret eden FKÖ liderlerinden biridir. 31 Mayıs 2001’de kalp krizi sonucu Kuveyt’te vefat eden Faysal Huseyni, 1 Haziran 2001’de Mescid-i Aksa’da babasının yakınına defnedilmiştir.