1965 yılında aslen El-Kabibeli (Askalan’ın doğusunda bir yer) olan mülteci bir ailenin oğlu olarak Han Yunus’ta dünyaya gelmiştir. Gazze’deki İslam Üniversitesinde eğitim alıp 1988 yılında lisans öğrenimini tamamlar. Eğitimi esnasında ilk olarak Müslüman Kardeşler’e, daha sonra ise Hamas’ın kurulmasıyla beraber sonra Hamas’a katılır. İşgalci İsrail kuvvetleri onu, Ahmet Yasin’i de ele geçirdiği 1989’da, aynı operasyonda tutuklamıştır. Hamas Hareketi’ne üye olduğu için 16 ay hapse mahkûm edilir. Hapisten salıverilmesinin ardından İzzettin Kassam Tugayları’nın kurulmasında önemli bir rol oynamıştır. Ailesini ve kendisini geçindirebilmek için aynı anda birçok işte çalışır. Bunlar arasında; babasının sahibi olduğu döşeme mağazasında çalışma, taksi şoförlüğü ve tavuk çiftliği kuruculuğu vardır. Oslo Görüşmeleri’ne ve bunun sonuçlarına itiraz ederek Gazze’de İsrail kuvvetlerine karşı düzenlenen direniş hareketlerine katılmıştır. 1996’da Yahya Ayyaş’ın suikaste uğramasının ardından İzzettin Kassam Tugayları’nda komutan olur. Amerika ve İsrail tarafından, Camp David Zirvesi öncesi yapılan baskılar sebebiyle Filistin Yönetimi tarafından gözetim altına alınır. Çoğunluğu ev hapsi olmak üzere Nisan 2001’e kadar gözetim altında kalmıştır. Salah Şehade’nin suikaste uğramasının ardından 2002 Temmuz’unda Gazze Bölgesi’nde Hamas’ın askeri kanat komutanlığını üstlenmiştir. Gazze Bölgesi’nden, İsrail kuvvetlerinin 2005 Ağustos’undaki geri çekilişinden sonra yıllarca İsrail’in hazırladığı arananlar listesinin başında yer almıştır. İsrail’in düzenlediği birçok suikast girişiminden kurtulur. Bu suikast girişimlerinden sonuncusu, 2020 yılında İsrail’in düzenlediği bir hava saldırısında olmuştur. Muhammed Deif bundan da sağ olarak kurtulmuştur. 2021 yılında Ramazan ayında gerçekleşen olayların ardından Filistinlilere mesaj göndererek, uzun zaman sonra yeniden halk ile iletişimde olmuştur.